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洪武十四年，朱元璋坐镇应天宫城，指挥大明雄狮南征北战。是年烽火连连，魏国公徐达与西平侯沐英率大军出北谷口，开拔塞外草原奔逐残元。北征数月大胜而还后，蓝玉沐英调转马头，又马不停蹄率30万大军南征。就在捷报频传的时刻，朱元璋的万年吉地明孝陵也开始动土修建了，10万工匠先后涌入紫金山南麓造墓。

洪武三十一年，暑气渐盛的宫城内，漏下四鼓仍烛火闪动，卧榻之上的明太祖朱元璋重病垂危，皇太孙朱允炆正俯首垂泪，尊听祖父最后的嘱托。朱元璋开创大明之后，时时处处以社稷万年计，然而长子朱标早逝，迁都未果，允炆孱弱而诸王威壮，种种皆令年老的朱元璋忧危于心，不时怅然气绝。

朱元璋在遗诏中提及"丧祭仪物，毋用金玉，孝陵山川因其故，毋作改"，朱允炆照遗命将朱元璋奉安孝陵地宫，与马皇后合葬。彼时的明孝陵虽然已经修筑了18年，地宫已完备封存，但地面庞大的建筑群仍在继续，截止朱棣永乐三年，整个陵园才全面竣工。彼时的孝陵内钟鼓阵阵烟雾袅袅，洒扫享殿侍奉烛火的宫人及守陵将卒就有6千余人，戍卫森严。

故而截止明末，明孝陵保存的都十分完好。然而明亡之后的数百年，明孝陵依然稳如磐石，虽无数盗墓贼觊觎，却无一人能得手。明孝陵何以能坚如磐石，深埋山体中的地宫又有何玄机？1961年，考古界学者齐聚明孝陵，对整个墓地陵园形制展开全面的勘测研究。

经过数年的努力，考古界确定，明孝陵地宫之上的宝城虽然因地基沉降山水渗透等原因，出现了墙体坍塌及撕裂的情况，但宝城之下的地宫确实完好无损，没有任何成功打通的盗洞。相隔36年之后，也就是1997年，考古界再次启用最先进的物探技术，专门对地宫进行了精准探测，历时6年终于揭开了孝陵地宫深埋的终极秘密，震动了整个考古界。

亲临现场的学者都慨叹朱元璋真是盗墓者的克星！原来在勘测中学者发现，明孝陵地宫看似沿袭汉唐旧制以山为陵，实际上却来了个大创新！古时候所有以山为陵者，均是由上向下开凿，达到所需深度后再左右延伸，开凿墓室。而孝陵地宫截然不同，是从山体一侧择取一点横向深入，这意味着任何从上向下挖掘的盗洞都不能成功。

而墓道也十分诡异，不正冲墓室，也不是直道，而是侧向迂回深入，极为曲折复杂，非物探技术找不到墓道。更神奇的是，朱元璋似乎对盗墓贼的手段了如指掌，整个墓室周围除了环绕巨石之外，上方和两侧均包裹厚厚的细沙层和巨量碎石层，此二者层层交织，看到这里摸金校尉该头疼了。

孝陵地宫外围包裹的沙石设置，正是数千年间盗墓界最束手无策的流沙墓，而且孝陵远比单一流沙墓更为周密。无论盗墓者从哪个方向挖来，都会被巨量的流沙及碎石迅速包围，别说盗墓，逃命都很难，如此种种是孝陵无人能动的先决条件。此外清人入关后，虽然取代了大明，但为了安抚大批遁往江南的明之遗民，从多尔衮开始，上至君王下至将相都对明孝陵尊崇有加。

康熙、乾隆下江南时，亦奔赴明孝陵拈香奠酒，三跪九叩祭拜明太祖朱元璋，敕令江南衙署看护孝陵，清代君主的重视，很大程度上也保护了明孝陵这座文史宝库，使得传承至今。